本发明公开了一种肠道菌群重建试剂盒，包括，盒体，其包括顺次定时开启的多个腔室，按照开启顺序分别为第n至n+x腔室，第n+1至n+x腔室中相邻腔室开启时间间隔设为4‑12h；腔室内分别包含以下成分：第n腔室：复方聚乙二醇电解质散或甘露醇注射液；第n+1腔室：A和B组微生态制剂；第n+2腔室：B组微生态制剂；第n+3至n+21腔室：B和A组微生态制剂；第n+22至n+x腔室：B组微生态制剂。通过洗肠和顺序服用不同制剂，有利于肠道菌群的快速建立。本发明还公布了该试剂盒在强直性脊柱炎和类风湿肠道菌群重建中的应用，肠道菌群重建改善了患者关节疼痛令关节活动自如，以使其在改善患者关节疼痛不适方面具有可行性。