本发明公开了一种特异识别链霉素的核酸适配子筛选方法，其步骤为：A、环氧基凝胶与链霉素偶联；B、制备阴极柱和阳极柱；C、构建ssDNA随机文库，对链霉素亲和性较高的适配子的筛选及测定；D、荧光法鉴定最高亲和性、特异性识别链霉素的核酸适配子。本发明还将筛选到的核酸适配子应用于定性及定量检测食品中的链霉素。本发明提供的筛选方法条件严谨度高，易于消除其他因素干扰，所筛选的适配子不仅具有很高的亲和力和高度的特异识别性，而且能够降低假阳性的出现，是一种简单、快速、科学、精准筛选适配子的新方法，将筛选到的核酸适配子与胶体金比色法相结合，能够简单、快速、准确地检测链霉素，可广泛应用于食品、卫生及进出口检验等多个领域。