本发明提供了一种DNA中5‑羟甲基胞嘧啶的定量分析方法，本发明是基于AbasI酶特异性识别并切割含有5ghmC的双链DNA特性，结合连接‑聚合酶链式反应（PCR）反应建立5hmC的定量分析方法。AbasI酶能够识别双链DNA中的5ghmC，并能在距修饰的胞嘧啶3´侧11‑13碱基处进行切割，形成一个2‑3碱基的3´突出末端。酶切后的产物会与Harpin探针在SplintR连接酶的作用下进行连接，然后将连接产物作为模板进行PCR扩增，最后根据标准曲线图来定量实际样品中5hmC的含量。本发明样品处理步骤简单，对实验操作者及实验条件没有特殊要求。本发明的灵敏度高，选择性好，成本较低。