本发明公开了一种降低土壤镉含量的复合钝化剂的制备方法，主要包含以下步骤：步骤1：枯草芽孢杆菌依次经活化、扩培，获得枯草芽孢杆菌的菌悬液；步骤2：所得枯草芽孢杆菌的菌悬液浓度为108‑109cfu/mL，菌悬液与生物炭以体积：质量为2.5:1混合，振荡培养45‑55h，得到枯草芽孢杆菌‑生物炭复合体；步骤3：将枯草芽孢杆菌‑生物炭复合体与3％海藻酸钠溶液等体积混合，形成复合凝胶剂，用注射器将其逐滴滴入等体积的1％氯化钙溶液中，形成复合体微球，再静止24h，得到复合钝化剂。本发明还提供了复合钝化剂在油菜种植应用，经测定降低土壤中镉80.92％以及油菜中镉55.10％，同时生物含量提高75.86％。