本发明公开了一种硒代蛋氨酸氧化物及其制备方法和在合成多肽分子内二硫键中的应用。硒代蛋氨酸氧化物具有如式（Ⅰ）所示结构。本发明应用时将硒代蛋氨酸氧化物与还原型多肽溶液在室温条件下反应，混合即能反应结束，利用高效液相色谱分离反应产物。本发明硒代蛋氨酸氧化物作为氧化剂合成多肽分子内二硫键时，具有产率高，反应快，原料便宜，后处理简单和适用于不用反应介质的优点。使多肽分子内二硫键合成的原子经济性得到了很大的提高。