本发明提供基于不同分离机制HPLC指纹图谱串联法的建立与应用，涉及药品分离分析领域。该基于不同分离机制HPLC指纹图谱串联法的建立，包括如下具体步骤：首先实现H ILIC‑I SC串联HPLC指纹图谱的拟合、串联指纹图谱保留时间的计算和串联指纹图谱峰面积的计算。通过将串联谱与单一分离机制所得指纹图谱的评价结果相比较，串联指纹图谱与单一分离机制指纹图谱对27批苦参总碱样品和市售样品定性定量评价的结论基本一致，说明串联评价结果准确可靠，能整合不同分离机制下所得图谱的质量评价结果，具有实际意义。