本发明公开了一种燃料电池控制系统和燃料电池控制方法，该燃料电池控制系统包括：反应堆；空气压缩机，所述空气压缩机具有压缩腔且所述压缩腔具有进气口和出气口，所述压缩腔内设有可转动的压轮，所述出气口与所述反应堆连通；控制流道，所述控制流道的第一端与所述压轮的进气侧连通且第二端与所述压轮的轮背侧连通，所述控制流道上设有用于调节所述控制流道的流量的回流阀；中控单元，所述中控单元与所述回流阀通讯连接以控制所述回流阀的开度。根据本发明的燃料电池控制系统，可以减小轴向力，延长使用寿命，提高系统效率以及提升性能，并且可以实现对系统的精准控制，满足不同工况下空气压缩机的工作需求。