本发明提供了一种发动机的停缸控制方法、系统及车辆，其中，所述方法包括：若发动机的需求扭矩发生变化，则获取车辆的目标车辆状态信息；确定所述目标车辆状态信息是否符合预设条件；若所述目标车辆状态信息符合预设条件，则控制所述发动机以全缸工作状态进行工作；若所述目标车辆状态信息不符合预设条件，则根据扭矩切换过程中所述发动机的扭矩响应时间及停缸机构的机构响应时间，控制所述发动机以当前停缸率进行工作或改变停缸率进行工作。本发明能够能够通过目标车辆状态信息来判断车辆当前是否允许进入停缸工作状态，可以避免出现停缸后影响车辆驾驶、无法满足使用需求的问题。