本发明提供了一种可变压缩比机构驱动结构，设于发动机缸体上，以构成对可变压缩比机构中的偏心轴的转动驱使，且该可变压缩比机构驱动结构包括套装于所述偏心轴的中部并与所述偏心轴间传动连接的传动件，装设于发动机缸体上的驱动部，以及装设于发动机缸体上的谐波减速器，所述谐波减速器套装于所述传动件上，且该谐波减速器的波发生器与驱动部传动相连，该谐波减速器的柔轮构成与传动件的传动连接。本发明的可变压缩比机构驱动结构利用谐波减速器的中置形式，可使偏心轴两端的扭转变形量较为一致，进而能够减少偏心轴扭转变形量的不同，以避免发动机各缸压缩比差异大的问题。