本发明提供了生物质综合利用系统及其控制方法，涉及生物质综合利用技术领域，解决了现有技术中不能高效充分的利用生物质所产生的能量的技术问题。该生物质综合利用系统包括两段式生物质炉、热水罐、燃气热水器、燃气灶、供风组件、供水组件，其中两段式生物质炉通过供风组件分别与燃气热水器、燃气灶连接；热水罐通过供水组件分别与两段式生物质炉、燃气热水器连接；生物质综合利用系统工作时，两段式生物质炉工作产生的生物质燃气可通过供风组件输送至燃气热水器；两段式生物质炉工作产生的生物质燃气可通过供风组件输送至燃气灶。本发明的生物质综合利用系统及其控制方法能够高效充分的利用生物质所产生的能量。