动物医药制备搅拌装置的研发难题主要包括：

1. 搅拌桨的设计和选材，需要考虑到不同的制品对搅拌速度、搅拌方向和搅拌力度的要求

2. 设备的温度控制系统，需要保证在不同的工艺条件下，能够精确地控制搅拌的温度

3. 设备的清洁和维护，需要保证装置的内部和外部都能彻底清洁，以防止交叉污染

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