防水卷材生产系统主要研发难题有：

1. 配方设计和原料控制：防水卷材的能效取决于其配方和原料质量。优化配方和严格控制原料质量是防水卷材企业的重要任务。

2. 工艺控制：防水卷材生产过程中的温度、压力、速度等工艺参数需要严格控制，以确保产品质量和生产效率。

3. 环保和安全：防水卷材生产过程中需要使用大量的有机溶剂，因此需要确保生产过程中的环保与安全。

防水卷材生产系统主要研发目标有：

1. 自动化：通过自动化设备和生产线的应用，提高生产效率，降低人力成本。

2. 智能化：利用自动化控制、传感器技术等手段，实现生产过程的智能化管理和控制。

3. 绿色化：采用环保材料和工艺，减少对环境的污染，实现可持续发展。